برنامج الماجستير في العلوم الطبية المخبرية يمكن الطالب من دراسة تخصص العلوم الطبية المخبرية باختيار الدراسة في أحد المسارين:
المسار الأول: الأحياء الدقيقة التشخيصية والمناعة
المسار الثاني: علم الدم
تم اقرار هذا البرنامج من قبل وزارة التعليم العالي عام 2007 بمساريه (مسار علم الدم ومسار الأحياء الدقيقة التشخيصية والمناعة).