انضم الأستاذ الدكتور محمد أبو يونس إلى كلية طب الأسنان في جامعة القدس في مراحل تأسيسها الأولى في العام 2003م، وعمل أستاذاً في قسم جراحة الوجه والفكين، وتسلّم مهام إدارة العيادات ورئاسة قسم الجراحة في الكلية لمدة خمسة أعوام، ليعمل مساعدًا للعميد في العام 2008، وتم استلامه لمنصب عميد الكلية في الدورة 2009-2012م، وبعد ذلك تم تعيينه عضوًا في الأمانة العامة لهيئة مجالس الجامعة من العام 2013-2017، إلى أن تم تكليفه بعمادة الكلية في العام 2017 للدورة الحالية.
شارك أ.د. أبو يونس في إعداد خطة كلية طب الأسنان وتخريج الفوج الأول من طلبتها وكانت له مساهمات واضحة في معظم المشاريع التطورية في الكلية إضافة إلى توسيع علاقاتها مع المؤسسات الأكاديمية والمهنية المحلية والعالمية ذات العلاقة.
شارك أ.د. أبو يونس في تأسيس وتنظيم عمل المجلس الطبي الفلسطيني من خلال عضويته الفاعلة في هيئة المجلس والعديد من لجانه الفنية من العام 2005، عمل خلالها عضوًا في هيئة المجلس، ونائبًا لرئيس اللجنة العلمية العليا، ورئيسًا للجنة العلمية المتخصصة لجراحة الوجه والفكين وعضوًا في لجنة الإشراف على امتحان أطباء الامتياز وعضوًا في لجنة تقييم المستشفيات ولجنة تقييم مراكز الأسنان لأغراض الاختصاص، ولجنة طب الامتياز وغيرها من اللجان الفنية في المجلس.
في العام 2014 تم تعيين أ.د. ابو يونس عضوا في اللجنة الفنية الطبية لمعادلة الشهادات العليا في وزارة التعليم العالي الفلسطينية في العام 2017 تم انتخاب أ.د. محمد أبو يونس عضوًا في لجنة الامتحانات للمجلس الطبي العربي في اختصاص جراحة الوجه والفكين كممثل لجامعة القدس ودولة فلسطين. وفي العام 2023 تم انتخاب أ.د. أبو يونس عضوا في اللجنة التنفيذية ومقررا للمجلس العلمي لجراحة الوجه والفكين في البورد العربي.
للأستاذ الدكتور أبو يونس مشاركات متعددة خلال العقدين الماضيين في فعاليات ونشاطات ومؤتمرات النقابة الفلسطينية والأردنية، وقدم العديد من المحاضرات والمشاركات العلمية فيها إضافة إلى توليه منصبي أمين سر ونائب رئيس جمعية جراحي الوجه والفكين الفلسطينية بين الأعوام 2008-2013م. وكذلك نائبًا لرئيس جمعية الشفة الأرنبية في الأعوام 2013-2015م.
يقوم أ.د. أبو يونس، ومن خلال عمله في قسم جراحة الوجه والفكين بتدريس مساقات متعددة كالتخدير، والجراحة، وطب الفم، والمشكلات الطبية لطلبة طب الأسنان. وفي مجال البحث العلمي، فهناك أكثر من عشرة أوراق علمية متخصصة منشورة للأستاذ الدكتور أبو يونس، ويعمل على نشر خمس أوراق علمية جديدة في حقول الجراحة وطب الفم وزراعة الأسنان، اضافة الى اختيار أ.د. ابو يونس لعضوية هيئات تحرير لمجلات علمية متخصصة محليا وعالميا.