إنطلاقا من رسالتها في خدمة المجتمع وقطاع المختبرات الطبية خاصة باشرت دائرة العلوم الطبية المخبرية في كلية المهن الصحية – جامعة القدس بتنفيذ برنامج الرقابة النوعية الخارجية للمختبرات الطبية في مطلع العام 1995. وفي نهاية العام2001 تم توقف البرنامج وذلك بسبب الأحداث السياسية التي مرت بها كافة محافظات الضفة الغربية، وعدم القدرة على التواصل الفعلي بين المختبرات والبرنامج. وتمشيا مع هدف البرنامج الرئيسي للمساهمة في رفع مستوى خدمات المختبرات الطبية كافة، تم إعادة تفعيل البرنامج في مطلع العام 2009. وفي أيلول 2011 تم تغيير إسم البرنامج من برنامج الرقابة النوعية الخارجية الى مركز الرقابة النوعية في الطب المخبري وفي آيار 2012 تم نقل المركز الى المقر الجديد في مدينة البيرة.
يقدم المركز برنامجين يهدفان الى خدمة وتطوير الخدمات الطبية المخبرية والعاملين فيها في فلسطين والبرنامجين هما:
- برنامج الرقابة النوعية الخارجية والذي يعتبر البرنامج الوطني الوحيد من نوعه في فلسطين. ويقدم البرنامج خدماته للمختبرات الطبية التابعة للمؤسسات الصحية الأهلية الكبرى في الضفة الغربية في المرحلة الحالية ويعمل البرنامج على توسيع خدماته من أجل إشراك المختبرات الخاصة.
- برنامج التعليم المستمر: يعمل البرنامج مع برنامج الرقابة النوعية على حل مشاكل المختبرات من خلال تقديم دورات تدريبية متخصصة تلبي الحاجات المحلية مع التركيز على مجال الرقابة النوعية.